Stargate Universe conta a história de uma equipa de pesquisadores da Terra que, após destravarem o misterioso 9º chevron do Portal, viaja para uma desconhecida nave espacial chamada Destiny, lançada pelos Antigos (”the Ancient”) no auge da sua civilização. O que deveria ser uma simples missão de reconhecimento transforma-se numa missão sem fim, quando os membros de Stargate Universe descobrem que a nave é incapaz de retornar para a Terra. A tripulação vai viajar pelos confins do universo, conectando-se com cada Stargate previamente lançado, cumprindo assim a missão original da Destiny. Desafios surgem à medida que a nave se aproxima de Stargates colocados a centenas de anos à frente da Destiny, sendo a tripulação incapaz de controlar o sistema de navegação da nave. Se alguém for deixado para trás, não há forma de voltar, adicionado ao drama de encontrar novas raças, inimigos e aventuras.